Die Vergütung für die Tätigkeit als Prüfingenieur richtet sich bei Aufträgen der unteren Bauaufsichtsbehörden nach der Baugebührenordnung des Landes Niedersachsen. Die Abrechnung erfolgt über die untere Bauaufsichtsbehörde, die die Prüfgebühren ihrerseits dem Bauherrn in Rechnung stellt. 

In Nordrhein-Westfalen erfolgt die Honorarermittlung und Abrechnung über eine Bewertungs- und Verrechnungsstelle (bvs-NRW), ebenso in Hessen, in Rheinland-Pfalz und im Saarland (BVS-HRS).

Für Prüftätigkeiten für die Straßenbauverwaltung, die Eisenbahnen des Bundes sowie die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung bestehen Verwaltungsvorschriften und Richtlinien, die die Vergütung regeln, insbesondere die Richtlinie zur Ermittlung der Vergütung für die statische und konstruktive Prüfung von Ingenieurbauwerken für Verkehrsanlagen sowie die Prüfung des baulichen Brandschutzes für Personenverkehrsanlagen der Eisenbahnen des Bundes – RVP, Ausgabe 2019 (RVP 2019). 

Aufträge der Eisenbahnen des Bundes werden über die BVS-EBA abgerechnet.